1、犯罪客体不同
虽然两罪侵犯的都是性自由权，但强奸罪侵害的是妇女拒绝性交的自由决定权。强制猥亵罪侵害的是性交以外的性权利的自愿选择。
2、犯罪对象不同
强奸罪的犯罪对象仅限于女性，包括十四周岁以上的妇女和不满十四周岁的幼女。男性不能成为强奸罪的对象，这与我国传统法律文化有关。对于奸淫男性的行为，只能定强制猥亵罪。而强制猥亵罪的犯罪对象为十四周岁以上的人，猥亵不满十四周岁儿童的，定猥亵儿童罪。可见，强制猥亵罪不限性别，男性和女性均可以成为本罪的犯罪对象。
3、客观方面不同
强奸罪在客观方面表现为违背妇女意志，强行与其发生性关系的行为。行为人使用暴力、胁迫等方式，使妇女陷于不敢、不能、不知反抗的状态，对妇女实施奸淫。而强制猥亵罪是指性交以外的其他侵犯他人性自由的行为，但并没有性交动作。
4、主观方面不同
强奸罪是具有和被害妇女发生性交的故意。强制猥亵罪是性交以外侵害性自由的故意。即强奸罪有奸淫妇女的目的，而强制猥亵罪不具有奸淫的目的。
《中华人民共和国刑法》第二百三十六条 【强奸罪】以暴力、胁迫或者其他手段强奸妇女的，处三年以上十年以下有期徒刑。
奸淫不满十四周岁的幼女的，以强奸论，从重处罚。
强奸妇女、奸淫幼女，有下列情形之一的，处十年以上有期徒刑、无期徒刑或者死刑：
（一）强奸妇女、奸淫幼女情节恶劣的；
（二）强奸妇女、奸淫幼女多人的；
（三）在公共场所当众强奸妇女、奸淫幼女的；
（四）二人以上轮奸的；
（五）奸淫不满十周岁的幼女或者造成幼女伤害的；
（六）致使被害人重伤、死亡或者造成其他严重后果的。
第二百三十七条 【强制猥亵、侮辱罪】以暴力、胁迫或者其他方法强制猥亵他人或者侮辱妇女的，处五年以下有期徒刑或者拘役。
聚众或者在公共场所当众犯前款罪的，或者有其他恶劣情节的，处五年以上有期徒刑。
【猥亵儿童罪】猥亵儿童的，处五年以下有期徒刑；有下列情形之一的，处五年以上有期徒刑：
（一）猥亵儿童多人或者多次的；
（二）聚众猥亵儿童的，或者在公共场所当众猥亵儿童，情节恶劣的；
（三）造成儿童伤害或者其他严重后果的；
（四）猥亵手段恶劣或者有其他恶劣情节的。
