1.参保人不同，城镇医疗（即职工医保）是由职工参保，保费由用人单位和职工共同缴纳，而农村合作医疗（即新农合）主要由农民朋友们参保，是一种互助共济的医疗制度，也属于国家医保；2.城镇医疗所需要缴纳的保费相对于农村合作医疗来说要高一些；3.城镇医疗所能报销的费用相对于农村合作医疗来说要高一些；4.农村合作医疗的起付线相对于城镇医疗来说要低一些。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。
新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。
城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。
享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。
