《行政处罚法》中的违法所得的认定方式为：违法生产商品的违法所得按违法生产商品的全部销售收入扣除生产商品的原材料购进价款计算；违法销售商品的违法所得按违法销售商品的销售收入扣除所售商品的购进价款计算等。
法律依据：
《工商行政管理机关行政处罚案件违法所得认定办法》第三条
违法生产商品的违法所得按违法生产商品的全部销售收入扣除生产商品的原材料购进价款计算。
第四条
违法销售商品的违法所得按违法销售商品的销售收入扣除所售商品的购进价款计算。
第五条
违法提供服务的违法所得按违法提供服务的全部收入扣除该项服务中所使用商品的购进价款计算。
